En 1799, Thornton commence à travailler sur la Nouvelle illustration du système sexuel de Carolus von Linnaeus, un ouvrage de science botanique qui sera publié en trois volumes. Le premier était une dissertation sur le sexe des plantes selon le scientifique suédois Carolus von Linnaeus et le second une exposition du système sexuel. La partie la plus ambitieuse de la nouvelle illustration du système sexuel de Carolus Linnæus[4] était le volume III, The Temple of Flora (1799-1807)[5]. Les premières planches ont été gravées par Thomas Medland en mai 1798, d'après des peintures de Philip Reinagle. Entre 1798 et 1807, ils ont produit un total de trente-trois planches en couleur, gravées à l'aquatinte, au point et au trait. Lorsqu'il a planifié le projet, Thornton avait décidé de publier soixante-dix planches de format folio. Le manque d'intérêt du grand public signifiait le désastre pour le projet, et l'organisation d'une loterie ne pouvait pas le sauver de la ruine financière, pas plus qu'une page de l'ouvrage dédiée à l'épouse de George III, la reine Charlotte, protectrice de la botanique et des beaux-arts. On estime qu'environ 800 exemplaires ont été produits, chacun comportant 31 planches accompagnées de poèmes inspirés et de notes explicatives sur les connaissances et légendes florales.Publié : - Thornton, R.J. 1812. Éléments de botanique Volume 1. Classification. Londres. Dédié au Révérend Thomas Martyn, M.A.F.R.S.
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